Mùa sinh sản của loài Đại bàng ăn cá châu Phi là vào mùa khô, khi mực nước xuống thấp. Mỗi một cá thể đực giao phối và sống chung với một cá thể cái.[8] Chúng làm tổ rất trên những cái cây và thay đổi tổ hai hay nhiều lần. Con cái đẻ 1 - 3 trứng, trứng có màu trắng chấm đỏ. Việc ấp trứng chủ yếu là của con cái, nhưng khi con cái đi săn mồi, con đực sẽ làm nhiệm vụ ấp trứng thay cho con cái. Thời gian ấp trứng kéo dài từ 42 - 45 ngày, sau đó con non sẽ nở. Con non sống phụ thuộc vào bố mẹ chúng từ 70 - 75 ngày, và sau đó chúng tự có khả năng bắt mồi.[9]